Una aplicación móvil entrega resultados de PCR en media hora

En menos de media hora, una nueva aplicación para teléfonos es capaz de analizar el genoma del virus SARS-CoV-2 y detectar si una persona sufre de COVID-19.

La aplicación se llama Genopo y fue desarrollada por el Instituto Garvan de Investigación Médica de Australia en colaboración con la Universidad de Peradeniya, en Sri Lanka.

De acuerdo con los científicos, esta aplicación hace que las pruebas sean más accesibles para las regiones remotas o pobres.

“No todo el mundo tiene acceso a los recursos informáticos de alta potencia que se requieren para el análisis de ADN y ARN del virus, pero la mayoría sí tiene acceso a un teléfono”, señaló Ira Deveson, quien dirige el Grupo de Tecnologías Genómicas del Instituto Garvan.

“El análisis genómico rápido y en tiempo real es hoy más crucial que nunca, como método central para rastrear la propagación del coronavirus. Nuestra aplicación hace que el análisis genómico sea más accesible, colocando literalmente la tecnología en los bolsillos de los científicos de todo el mundo”, añadió.

La aplicación móvil trabaja en conjunto con un secuenciador de nanoporos del tamaño de una memoria USB —como el secuenciador MinION de Oxford Nanopore Technologies—, que permite secuenciar el material genético de una muestra biológica fuera de un laboratorio.

Sin embargo, analizar los datos de secuenciación del genoma requería acceder a una compleja potencia informática.

La aplicación Genopo hace que los análisis de genómica sean más accesibles para las regiones remotas o de escasos recursos. Dr Ira Deveson

“Para permitir la secuenciación y el análisis genómico in situ, en tiempo real y sin una infraestructura de laboratorio, desarrollamos una aplicación que ejecuta el  trabajo bioinformático a partir de los datos captados por un dispositivo de secuenciación de nanoporos y que son descargados a un teléfono”, explicó Hasindu Gamaarachchi, ingeniero de sistemas de computación genómica en el Instituto Garvan.

La aplicación Genopo combina una serie de herramientas bioinformáticas disponibles en una sola aplicación de Android.

Los investigadores probaron Genopo con los datos de secuenciación de nueve pacientes infectados con SARS-CoV-2. Esto implicó extraer y amplificar el ARN del virus con una muestra de hisopo, secuenciar el ADN amplificado con un dispositivo MinION y analizar los datos en un teléfono inteligente.

La aplicación Genopo tardó un promedio de 27 minutos en determinar la secuencia completa del genoma del SARS-CoV-2 a partir de los datos sin procesar, lo que, según los investigadores, abre la posibilidad de realizar análisis genómicos en el punto de atención, en tiempo real.

Genopo es una aplicación gratuita de código abierto disponible a través de la tienda Google Play.

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